Соответственно предложение, учитывающее указанные недостатки. Как это видит автор  

1. Пресечь "семейные подряды". Пусть гадают семьей – ну повезло людям. Но в финале пусть будет один представитель на их усмотрение. Обмен ответами очевиден. В случае, если все горят рвением – разбить участников финала на 2 группы, и чтобы в группе по возможности не пересекались люди, выходящие с одного IP, из одного города и т.д. Пусть каждый решает свой вариант.
2. Ограничивать возможность копирования мне кажется сложно выполнимой, однако можно ввести условие – в каждый момент времени каждый участник имеет доступ только к одному кроссворду. Решил/решили первый – скачивай второй – решил второй – имеешь доступ к третьему и т.д. Это несколько уровняет шансы.
3. Сделать задания для финала близкими к формату самостоятельного решения (без программных подсказок). Либо "файлом для скачивания и последующего превращения в бумажный вариант", либо попробовать принудительное отключение всех подсказок, вплоть до вычеркивания уже определенных блоков из условий (хоть я и обещала не вносить предложений по изменению программы). Это же касается и глубоко симпатичных мне любителей цифрового формата (сама не пробовала, обещаю попробовать). Я так понимаю, что это версия игры в "Сапер", что, на мой взгляд, при всем моем уважении, не имеет отношения к решению японских кроссвордов. В процессе – пожалуйста, но Финал – на то и финал.
4. Условия "на время" можно изменить как "условно на время", то есть есть ограничения по решению, успел за час решить молодец – проходишь дальше. А потом – хоть жеребьевкой, всё честнее будет, чем гонка за призраками.
Решение не до конца. Были дельные предложения по введению скринов, но тогда нужен идентификационный номер на скрине (может можно как-то отображать одновременно "Решенных 3 из 3-х" "Номер шифра такой-то"), ну и плюс эксперт по анти-фотошопу.
Есть еще такое предложение (тут немного включите фантазию) – кроссворд дается без подсказок ключевого слова вообще, то есть в процессе решения ты не знаешь даже сколько букв в слове. Однако в форме заявки (не обязательно в программе) указано, что, например, одно слово в 4 буквы, одно слово в 6 букв и одно в 8. При этом из привычных 5 цифр-букв, которые программно можно вставить, могут быть не закрашены и все 5, и 4, и 3, и 2, и 1. И в Заявке же указано, что слову из 4-х букв соответствует 2 незакрашеные цифры, слову из 6 букв – 3 незакрашеные цифры, слову из 8 букв – 4. И только дорешав до конца (а цифры расставлены не абы как, а как например в финале первого этапа – в конце логического решения и кучно), и увидев, что незакрашеными остались, например, 3 цифры, определяешь, что букв в загаданном слове 6, отгадываешь слово, отправляешь ответ (слово и цифры), получаешь доступ к следующему заданию, решаешь – все счастливы

В догоночку - в финале проверять разностороннее умение решать. Цветной вариант, вариант со скрпулезным высчитыванием типа №20 в 5 Меге (вроде легкий, но внимательности требует - мама не горюй), вариант с неочевидным началом - когда пересечений мало и приходится использовать "режим пометок" и т.д.

Чтобы утешить тех, кто присоединился не в самом начале и теперь сетуют, что отставание в 400 баллов не преодолеть, можно ввести поощрительную номинацию (помимо возможноти участвовать в финалах следующих этапов) - "Без ошибок". Если человек не допустил ни одной ошибки с момента регистрации и проучаствовал хотя бы в одном полном этапе - получи медальку на форуме.

И еще идея нового совершенно нетипичного конкурса, пока предыдущее посты писала - придумала. Я решаю только бумажный вариант, и не только потому, что так интересней и врачи рекомендовали. Я рукоделю всяко-разно. Вяжу, вышиваю, всякие еще штуки придумываю - надо куда-то креатив девать при достаточно консервативной профессии. Так вот япошки - готовая схема для рукоделий. Среди участников много женщин и, в особенности, молодых мам. Думаю многие из них, так же как я, нет-нет да и вышьют котенка какого-нибудь. Почему бы не ввести конкурс на всякие рукоделия по мотивам схем япошек из Крота. Во-первых, это эстетично, во-вторых, интересно. Из того только, что я делала - вязала рисунок по схеме, вышивала, гобелен делала (коврик такой пушистый), даже "Бреда Питта" подруге мазайкой выложила - вариантов масса. Условий два - чтобы по мотивам опубликованных япошек (без изменений иногда не обойтись, но чтобы достаточно близко к оригиналу) и фото воплощенной задумки.

В описанной вами ситуации человек неизбежно получит "кубок финалиста", как у вас. Медали же - знак отличия для победителей, не будем их обесценивать.

Действительно, почему бы и нет? Создайте соответствующую тему в Общем форуме, подайте пример    - если почин будет поддержан, мы наградим создателей лучших работ.
Конечно, к Чемпионату такой конкурс никакого отношения не имеет и на рейтинг не повлияет.

Ольга Золотова, для этого придется:
1. Изменить правила "бумажного" конкурса Меги - номера-то едины.
2. Всем участникам - либо обновлять программу, либо считать сумму вручную и отправлять заявки через форму на сайте. Текущая версия программы неправильно подсчитает сумму, если будет не закрашено несколько клеточек.
Так что в финале этапа мы такие изменения можем ввести, а в каждом номере не хотелось бы.

Николай Саркисян, ну е-мое, вы же автор
= площади кроссворда - количество закрашенных клеток кроссворда
оба числа известны

Эйч,

Интересная мысль разыграть дополнительный приз в номинации "Самый быстрый". Обдумаем.

кстати, не надо по 18 номеру, на автомате написал, только по 1ому финалу!

еще забыл написать,
раз уж газетчики заполняют заявку на сайте,
то сумму/фразу в меге/спеце электронщикам тоже писать вручную,
ошибки в словах ужесточили 2ой этап, внесем тогда человеческий фактор и сюда,
потому что +10 ничего не меняют по сути, т.к. все решают все кроссворды, программа сумму считает сама верно, и за что +10?
а так сами ручками-ручками...
только надо будет сделать соответствующие поля в КиберКроте

Уважаемый техник, программа распознаёт правильно решённый кроссворд от неправильного. Почему бы не сделать такое обновление для программы, чтобы она добавляла в заявку (при отправки с проги разумеется) некий пункт о правильности решения. Таким образом придётся решать все кроссы до конца и правильно на 100%. Так куда поинтересней будет...
P.S. Те кто решают на бумажном варианте пусть разносят затем в программу. Это займет не более получаса. А купить номер на сайте ни так дорого, всего лишь 5 рублей. Думаю ничей бюджет не пострадает, даже у не работающего ребёнка)))
P.S.S. Возможно где-то уже была такая идея, просто перечитывать лень...
Если на техническом уровне такое возможно, то          

Предложение по финалу-  в обязательном порядке отключить подсказки! Да, кто решает сам без них- молодец, но кто с ними- уж пусть на равных посостязаются! Ибо они ЗНАЧИТЕЛЬНО упрощают процесс решения с его механической стороны- не нужно ставить крестики в пустые клетки и пр. Работа значительно ускоряется.
По поводу спорных решений об ответах (я о ситуации с "кучером"). Давайте определим тот порог количества заявок с альтернативным вариантом ответа, пересекая который, этот вариант становился бы вторым правильным. К примеру- 30%-40% от общего числа ответов.